Отключать аккум на работающем двигателе может убить "мозги" блока зажигания и другой электроники.
Если сел аккум то лучше "прикурить" плюс на плюс и минус на массу, дать постоять минуту и завести, после включить головной свет на обоих та и снять провода.
(По идее должно быть описано в инструкции)
И электронное зажиган е потребляет много электричества и из-за этого двигатель может глохнуть при слишком слабом аккум.
Но вы излишне переживаете
